Le Cabinet naturaliste de Jean Hermann (1762 - 1800)
Riches collections universitaires par leur diversité, ces collections de paléontologie sont issues, comme les collections du Musée zoologique ou celles de l’Herbier de l’Université de Strasbourg, de l'ancien cabinet naturaliste de Jean Hermann (1738 - 1800). L'ouverture d'un Muséum d'histoire naturelle à Strasbourg en 1818 permet l'exposition de ces collections, qui sont dès lors mises à disposition de l'Université de Strasbourg pour l'enseignement.
Le Musée d'histoire naturelle de Strasbourg (1818 - 1870)
Les collections de géologie sont réorganisées par Philippe-Louis Voltz (1785 - 1840) en trois catégories : minéralogie ; paléontologie et pétrographie ; pétrifications. Il recrute Wilhelm-Philipp Schimper (1808 - 1880) en 1833, dont la première mission est de réorganiser les collections de paléontologie. Il classe les échantillons de manière stratigraphique, et développe la collection de paléobotanique, notamment grâce à ses recherches sur le Grès à Voltzia de Soultz-les-Bains. Jusqu’en 1870, les collections sont enrichies principalement par dons. W.-P. Schimper propose le premier enseignement de paléontologie à l’université en 1840.
La Kaiser Wilhelms-Universität (1872 - 1918)
L'Université impériale allemande est créée en 1872. Ernst Wilhelm Benecke (1838 - 1917) est nommé Professeur de Paléontologie et devient responsable des collections de Paléontologie au sein d'un nouvel Institut de Paléontologie en 1873. Il permet la mise en place de collections scientifiques de référence issues en particulier des études lancées pour cartographier l'ensemble de l'Alsace-Lorraine (Sous l’égide du Service de la Carte Géologique d’Alsace et de Lorraine, une commission créée elle aussi en 1873). Ces collections géologiques intègrent le bâtiment de l’Institut de Géologie (rue Blessig) en 1891.
Il existait ainsi jusqu’en 1918 deux collections de paléontologie :
- Une collection générale, traitant de la diversité des restes fossiles et de leur présence dans les niveaux géologiques du globe
- Une collection de référence des niveaux géologiques étudiés pour la confection des cartes géologiques de l’Alsace et de la Moselle. Une collection de roches de référence est associée à celle-ci.
Cette démarche permet d’enrichir largement les collections et de mieux détailler les niveaux géologiques régionaux. Les lacunes géologiques sont complétées par des spécimens provenant d’autres gisements en Allemagne, surtout, ou en Europe. Au gré des expéditions scientifiques allemandes, l’Institut de Paléontologie acquiert des fossiles provenant d’Amérique du nord et du sud ou encore d’Asie.
De cette manière la collection générale présente des fossiles de tous les niveaux géologiques depuis le Cambrien jusqu’à l’actuel. Par ailleurs, l’espace dédié à l’exposition des pièces constitue la moitié de la surface totale de l’Institut de Paléontologie, entre 1891 et 1918. De grandes pièces comme des squelettes complets de crocodiles ou d’ichtyosaures y sont exposées.
La Faculté des Sciences (1919 - 1939)
Ces collections sont confisquées par la France en 1918. L’université française rouvre en 1919 et les géologues vont dès lors reprendre ou poursuivre les travaux allemands d’avant 1918. Les collections régionales sont de nouveau enrichies. Les collections générales sont enrichies de spécimens provenant des terrains oligocènes et miocènes d’Europe de l’est et du Proche-Orient. L’entre-deux guerres verra la création d’un laboratoire de palynologie dont l’activité se poursuivra jusque dans les années 1980.
La Reichsuniversität (1941 - 1945)
Une partie de ces collections est déménagée à l’Université de Clermont-Ferrand dès 1939 et reprendra place dans le bâtiment après 1945. Malheureusement, une partie restée à Strasbourg et stockée à la Manufacture des Tabacs, toute proche de l’Université, sera détruite durant des bombardements en 1944.
Le Laboratoire de Géologie et de Paléontologie (1945 - 2004)
Le bâtiment est réorganisé dans les années 1950 et possède toujours un musée dédié à la paléontologie. Ce dernier sera démantelé en 1963 pour laisser place à des laboratoires. Une partie des collections, en particulier les spécimens de références (Types et Figurés), est déplacée dans les combles qui seront détruits par un incendie en février 1967. Les réserves sont transférées dans un hangar en périphérie de la ville, et resteront dans ce lieu jusqu’en 1996, date à laquelle elles sont déménagées dans un ancien fort militaire, à Niederhausbergen. Cet espace centralisé permet d’avoir accès à toutes les collections de référence, qui sont organisées plus ou moins stratigraphiquement, ainsi qu’aux collections personnelles, organisées par gisements.
Une salle d’exposition est inaugurée en 1978 au sous-sol de l’Institut de Géologie. Celle-ci permet de présenter une histoire de l’évolution de la vie sur Terre grâce aux collections régionales ainsi que des groupes taxonomiques particuliers, des anecdotes sur l’histoire des collections et les personnes les ayant constituées, etc.
La seconde moitié du XXème siècle a permis l’ajout d’une importante collection de fossiles issus du Grès à Voltzia alsacien et mosellan ainsi que d’une exceptionnelle collection de mammifères pléistocènes issus des gravières d’Achenheim.
Une gestion patrimoniale des collections (Depuis 2004)
Un état des lieux global est de nouveau entrepris depuis 2012. Les collections sont aujourd'hui orphelines d'un laboratoire, mais toujours utilisées dans l'enseignement et la recherche. Une reprise des inventaires permet de reconstituer des ensembles cohérents. Par ailleurs, un important travail de traitement des archives documentaires liées à ces collections mais également aux collections de cartes géologiques permet de mieux comprendre le contexte de mise en place des collections de Paléontologie.